Eli arbetade med film- och teaterproduktion i New York City i många år och gjorde allt från produktionsassistent till assisterande klippare till regissörsassistent. Vid 20 års ålder var Roth utvecklingschef för producenten Fred Zollo, en tjänst som han snart lämnade för att skriva på heltid. För att försörja sig gjorde Roth budgetar och scheman för filmerna A Price Above Rubies (1998) och Illuminata (1998), och arbetade ofta som stand-in, där han kunde se regissörer arbeta med skådespelarna. 1995 skrev Roth manuset som så småningom skulle bli Cabin Fever (2002) tillsammans med vännen Randy Pearlstein, och de två tillbringade många år utan framgång med att försöka få filmen finansierad. Roth lämnade New York 1999 för att bo i Los Angeles och fick inom fyra månader finansiering för sin animationsserie Chowdaheads (1999). Roth och vännen Noah Belson (Cabin Fever (2002) Guitar Man) skrev och röstade avsnitten, som Roth producerade, regisserade och designade. Avsnitten skulle köras på WCW:s #1-rankade serie WCW Monday Nitro (1995) men VD:n fick sparken en dag innan de skulle sändas, och avsnitten gick aldrig. Roth använde avsnitten för att sätta upp en stop motion-serie kallad The Rotten Fruit (2003) som han producerade, regisserade och animerade, samt skrev och röstade tillsammans med vännen Belson. Mellan de två animerade serierna arbetade Roth nära med regissören David Lynch och producerade innehåll för webbplatsen davidlynch.com.

2001 filmade Roth Cabin Fever (2002) med en knapp budget på 1,5 miljoner dollar, med private equity som han och hans producenter samlade in från vänner och familj. Filmen var föremål för ett budkrig vid filmfestivalen i Toronto 2002, som så småningom vanns av Lion’s Gate, vilket omedelbart fördubblade sina investerares pengar. Det fortsatte med att inte bara vara den mest inkomstbringande filmen för Lion’s Gate 2003, utan den mest lönsamma skräckfilmen som släpptes det året, och fick kritik från The New York Times, Rolling Stone, Empire Magazine och sådana filmskapare som Peter Jackson, Quentin Tarantino och Tobe Hooper. Roth använde filmens framgång för att lansera en rad projekt, inklusive The Box (2009), en skräckthriller som han skrev tillsammans med Richard Kelly. I maj 2003 gick Roth samman med filmskaparna Boaz Yakin, Scott Spiegel och Greenestreet Films i New York för att bilda Raw Nerve, LLC, ett skräckfilmsproduktionsbolag.